Nikephoros Botaneiates từng là tướng lĩnh dưới thời Konstantinos IX. Bị cuốn hút vào hoạt động chính trị, ông đã tham gia tích cực trong cuộc nổi dậy phò tá Isaakios I lên ngôi vua vào năm 1057,[2] gồm một vai trò nổi bật trong trận Petroe. Dù được coi là một vị tướng tài năng, ông cũng phải hứng chịu một số thất bại nhục nhã trong suốt sự nghiệp của mình.[3] Năm 1064, Nikephoros cùng với Basileios Apokapes, doux xứ Paradounavon, trấn giữ vùng biên ải Balkan phòng ngừa sự xâm nhập của giống dân Thổ Oghuz, nhưng không may bị họ đánh bại và bắt làm tù binh, chịu lăng nhục.[3] Rồi người Thổ bổng nhiên bị mắc một chứng dịch tai hại chết rất nhiều và số tù binh lại thoát chết, trong khi những kẻ sống sót đã nhanh chóng được tuyển mộ trong quân đội Đông La Mã.[4]

Năm 1067, Nikephoros từng được coi là người chồng khả dĩ cho hoàng hậu Eudokia Makrembolitissa, vợ góa của Konstantinos X, nhưng cuối cùng bà đã đặt hết tâm huyết của mình vào Romanos IV Diogenes.[3] Bị Romanos gạt bỏ trong chiến dịch ở Manzikert, ông từ quan về ẩn cư tại điền trang của mình ở Anatolia.[5] Sau cùng, dưới thời Mikhael VII, ông được cất nhắc lên làm strategos quân khu (thema) Anatolikon và nắm quyền chỉ huy quân đội đóng ở Tiểu Á.[5] Tại đây ông có dự phần vào các hành vi hỗn loạn làm tê liệt các tỉnh phía đông của đế quốc, kể cả đòn lui binh chiến lược của mình khi Caesar Ioannes Doukas chạm tránh với đám phiến quân đánh thuê người Norman, dẫn đến sự thảm bại của quân Đông La Mã và Ioannes Doukas bị bắt làm tù binh.[6]

Năm 1078 Nikephoros dấy binh chống lại Mikhael VII và viên Đại thần tài chính Nikephoritzes. Nhờ được người Thổ Seljuk chi viện cho mấy đạo quân hùng dũng,[3] vừa đặt chân tới Nicaea là ông vội vàng xưng đế hiệu là Nikephoros III Botaneiates. Đúng lúc đó một viên tướng nổi loạn khác nữa là Nikephoros Bryennios, được cả giới quý tộc và tăng lữ đồng tình lập làm vua, trong lúc Mikhael VII trước sức ép của quần thần đã buộc phải thoái vị về làm tu sĩ.[7] Ngày 24 tháng năm 1078,[7] Nikephoros III Botaneiates cùng binh sĩ hộ tống tiến vào kinh thành Constantinopolis ca khúc khải hoàn và cử hành lễ đăng quang với sự tham dự của Thượng phụ Kosmas I thành Constantinopolis. Nhờ sự trợ giúp tận tình của bộ tướng Alexios Komnenos, hoàng đế đã đánh tan quân Bryennios và các thế lực thù địch khác nhưng thất bại trong việc quét sạch người Thổ đang xâm phạm biên cương ra khỏi vùng Tiểu Á.[8]